中心实行校、院二级管理，中心主任由学校任命，由正高级职称的教师担任。实验中心实行主任负责制，全面负责实验中心的建设与管理工作，负责中心的建设规划、工作计划、经费预算的编制及其实施。中心下设多个实验平台，每个平台下设多个实验分室。中心执行统一管理和共享利用，实行责任人负责制。